| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-17-P1a Xtr-Mir-17-P1c Xtr-Mir-17-P2a Xtr-Mir-17-P4a Xtr-Mir-17-P4c Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 47198097-47198161 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
chr8: 47197567-47197631 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chr8: 47197697-47197755 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chr8: 47197828-47197884 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chr8: 47197940-47198000 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chr8: 47198097-47198161 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chr8: 47198222-47198278 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACACCUGUACUCGCUCGUCUCCUUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGACAUAGUGUAGCAUCUACUGCCCUAAAUGCUCCUUUUGGCACAGGUUGUUUCACGAUCAUCUCUUGACUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACACCUGUACUCGCUCGUCUC-- --| U C U U UGACAUA CUUGUGUUA AGG GCAU UAG GCAGU AG G GGACACGGU UCC CGUA AUC CGUCA UC U UUCAGUUCUCUACUAGCACUUUGUU UU^ U A C - UACGAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-17-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-18b |
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| Star sequence | Xtr-Mir-17-P2c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAAUGCUCCUUUUGGC -65
Get sequence
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