| MirGeneDB ID | Loc-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG7: 45791034-45791098 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
LG7: 45788477-45788542 [-]
Ensembl
Mir-17-P4c LG7: 45790439-45790497 [-] Ensembl Mir-17-P2c LG7: 45791034-45791098 [-] Ensembl Mir-17-P1c LG7: 45791277-45791334 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGCGUCUGCCCCCUGGUGGACCUCGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGAAUUAGUUUAGAAUCUACUGCGCUAGAUGCUCCUUCUGGCAGGAGGUGCCACAGAACCGGCUGCAGUGCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCGUCUGCCCCCUG- - G --| U U UGAAUUA GUGG ACCUC UGUUA AGG GCAUCUAGUGCAGU AG G CACC UGGAG ACGGU UCC CGUAGAUCGCGUCA UC U GCGUGACGUCGGCCAAGA G G CU^ U - UAAGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-17-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-17-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACUGCGCUAGAUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
|
