| MirGeneDB ID | Laf-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1d Laf-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P4a Laf-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010127.1: 4184272-4184332 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
GL010127.1: 4183629-4183693 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c GL010127.1: 4183788-4183848 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c GL010127.1: 4183925-4183984 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c GL010127.1: 4184048-4184108 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c GL010127.1: 4184272-4184332 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c GL010127.1: 4184431-4184488 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CUGCCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCCAUUCCUUCCAAUGUGUCUCUUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAAGCAGCUUAGAACCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCACAGGCUGCCUAAUACACAGCGUUUAAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCCAUUCCUUCCAAUGU-- CU --| U UC U UAAGCAGC GU CUUGUGUUA AGG GCA UAG GCAGU \ CG GGACACGGU UCC CGU AUC CGUCA U AAAAAUUUGCGACACAUAAUC UC CU^ U GA C UCCAAGAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-17-P2c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-17-P2c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -61
Get sequence
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