| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Gmo-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Gmo-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
scaffold08698: 72457-72520 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
scaffold08698: 71694-71762 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4c scaffold08698: 72088-72146 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c scaffold08698: 72457-72520 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUCUCCAUUGUUUGUGACGGCCCCCCAGCUAAGGUGCAUCUAGUGUAGUUAGUGAACUUUCCAAUUUCUACUGCCCUAGUUGCUCCUUCUGGCUGGGGGCCCGUUCUUCCACAAUAGGAGGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUCUCCAUUGUUUGUG-- C --| U U U UAGUGAACU ACGG CCCCCAGCUA AGG GCA CUAG GUAGU U UGCC GGGGGUCGGU UCC CGU GAUC CGUCA U GUGGAGGAUAACACCUUCU C CU^ U U C UCUUUAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-17-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGUAGUUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-17-P2c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACUGCCCUAGUUGCUCCUUCUGGC -64
Get sequence
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