| MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-18a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 74792615-74792679 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c4) |
Mir-92-P2c4
NC_030739.1: 74792087-74792151 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c4 NC_030739.1: 74792213-74792274 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c4 NC_030739.1: 74792615-74792679 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUACACCUGAGCUCCAUGGUCUCCCUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGACAUAGCGUAGCAUCUACUGCCCUAAAUGCUCCUUUUGGCACAGGGUGUUCCAUGAUCAUCUCUCAAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUACACCUGAGCUCCAU- UCU- --| U C U U UGACAUA GG CCCUGUGUUA AGG GCAU UAG GCAGU AG G CC GGGACACGGU UCC CGUA AUC CGUCA UC C GCUAACUCUCUACUAGUA UUGU UU^ U A C - UACGAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-17-P2c4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAG -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Xla-Mir-17-P2c4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAAUGCUCCUUUUGGC -65
Get sequence
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