MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P1a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-17-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 122721820-122721881 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a3) |
Mir-92-P1a3
NC_030726.1: 122721137-122721196 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a3 NC_030726.1: 122721259-122721320 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a3 NC_030726.1: 122721387-122721447 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a3 NC_030726.1: 122721555-122721612 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a3 NC_030726.1: 122721687-122721751 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a3 NC_030726.1: 122721820-122721881 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGGGACCAGCGGUUGUCAAGAGUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUUUAACAGAACCUACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGCAUUAUGUUGACAGUGUUUGCUAGAGGCUAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGGGACCAGCGGUUG---| GA CA- A G G UGAUUU UCAA GUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG A AGUU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC A AAUCGGAGAUCGUUUGUGAC^ G- AUG A G - CAAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-17-P1a3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-17-P1a3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGC -62
Get sequence
|