| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P4a Mdo-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
7: 108468905-108468965 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-92-P1a
7: 108468200-108468258 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a 7: 108468317-108468377 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a 7: 108468450-108468508 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a 7: 108468619-108468676 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a 7: 108468761-108468825 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a 7: 108468905-108468965 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGAAGAUAGUAACCGGUCAGAAUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUAUGUAGAAUCUACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGCAUUAUAGUGACAGCCGCCUCUGGAACUGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGAAGAUAGUAACCG-- GA CA-| A G G UGAUAU GUCA AUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ CAGU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC G AUGUCAAGGUCUCCGCCGA GA AUG^ A G - UAAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-17-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-17-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-17-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGC -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-17-3p |
