| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-19b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-19-P1a Mdo-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Oan-Mir-19-P2a5 Oan-Mir-19-P2a6 Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
7: 108468317-108468377 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a) |
Mir-92-P1a
7: 108468200-108468258 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a 7: 108468317-108468377 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a 7: 108468450-108468508 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a 7: 108468619-108468676 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a 7: 108468761-108468825 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a 7: 108468905-108468965 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACUUUUAAUUGAGCACUGUUCUAUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGCUGUAUGAUAUUCUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUGGUGGUGGAAAGUCAGUAGAAAAAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAACUUUUAAUUGAGCA- UG - - -| UC UGUAUG C UU CUAUGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ G GG GGUGUCAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG A AUAAAAAGAUGACUGAAA GU U A U^ -- UCUUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-19-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-19b-1-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-19-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-19b-3p |
