| MirGeneDB ID | Xla-Mir-19-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Hsa-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Ocu-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 104998831-104998891 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a4) |
Mir-92-P1a4
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a4 NC_030727.1: 104998831-104998891 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a4 NC_030727.1: 104999254-104999318 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a4 NC_030727.1: 104999384-104999445 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUACACUAGAUCUUGGUGCUUUAUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGCUUUUCUCUGGCUUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUAUGGCACUUAACUAGCGUCUGAUCUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUACACUAGAUCUUG----| UU - - UC UUUUCU GUGCU AUGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ CACGG UAUUAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG C UCUUCUAGUCUGCGAUCAAUU^ -- A U -- UUCGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-19-P2a4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-19-P2a4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
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