| MirGeneDB ID | Xla-Mir-19-P2a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xla-Mir-19-P2a4 Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 122721259-122721320 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a3) |
Mir-92-P1a3
NC_030726.1: 122721137-122721196 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a3 NC_030726.1: 122721259-122721320 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a3 NC_030726.1: 122721387-122721447 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a3 NC_030726.1: 122721555-122721612 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a3 NC_030726.1: 122721687-122721751 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a3 NC_030726.1: 122721820-122721881 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUUACCUUUAAGCGUGGUGCUUCAUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGCUGUUCUCGUGGCUUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUAUGGCACUUAACCAGCGUCUGAUCUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUUACCUUUAAGCGUG----| UU - - UC UGUUCU GUGC CAUGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC C CACG GUAUUAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG G UCUUCUAGUCUGCGACCAAUU^ -- A U -- UUCGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-19-P2a3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-19-P2a3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -62
Get sequence
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