| MirGeneDB ID | Cli-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-19b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Oan-Mir-19-P2a5 Oan-Mir-19-P2a6 Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold183: 2837370-2837430 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a) |
Mir-92-P1a
scaffold183: 2837255-2837313 [-]
Mir-19-P2a scaffold183: 2837370-2837430 [-] Mir-17-P4a scaffold183: 2837507-2837565 [-] Mir-19-P1a scaffold183: 2837681-2837738 [-] Mir-17-P2a scaffold183: 2837820-2837884 [-] Mir-17-P1a scaffold183: 2837971-2838031 [-] |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGUUUAAUUGAACACUGUUCUCUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGCUGUAUGAUACUCUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUGGCAGUGACAAGUCAGUCAGUGAGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUGUUUAAUUGAACA----| CUC - - UC UGUAUG CUGUU UGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ GACGG GUCAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG A GUGAGUGACUGACUGAACAGU^ U-- A U -- UCUCAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-19-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-19-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
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