| MirGeneDB ID | Cli-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cja-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Eca-Mir-19-P1a Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gja-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Hsa-Mir-19-P1a Laf-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mal-Mir-19-P1a2 Mdo-Mir-19-P1a Mml-Mir-19-P1a Mmr-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Neu-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pab-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Tgu-Mir-19-P1a Tni-Mir-19-P1a1 Tni-Mir-19-P1a2 Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold183: 2837681-2837738 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a) |
Mir-92-P1a
scaffold183: 2837255-2837313 [-]
Mir-19-P2a scaffold183: 2837370-2837430 [-] Mir-17-P4a scaffold183: 2837507-2837565 [-] Mir-19-P1a scaffold183: 2837681-2837738 [-] Mir-17-P2a scaffold183: 2837820-2837884 [-] Mir-17-P1a scaffold183: 2837971-2838031 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUAGUUUUCUGCUUUGCAGUCUUCUGUUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAGAGUGUAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUGGUGGCCUGUUAUAAUCUACAUCGAGGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUAGUUUUCUGCUUU-- U U --| U AAGAA GCAG CU CUGUUAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC G UGUC GG GGUAGUCAAAACGUAUC AACGUG UG A GAGGAGCUACAUCUAAUAU C U UA^ U AUGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cli-Mir-19-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cli-Mir-19-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
|
