| MirGeneDB ID | Tni-Mir-19-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-19-P1a2 Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Tni-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cja-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Dre-Mir-19-P1a1 Eca-Mir-19-P1a Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gja-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Hsa-Mir-19-P1a Laf-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mdo-Mir-19-P1a Mml-Mir-19-P1a Mmr-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Neu-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pab-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Tgu-Mir-19-P1a Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
5: 8188599-8188656 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a1) |
Mir-92-P1a1
5: 8188110-8188167 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a1 5: 8188261-8188319 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 5: 8188398-8188455 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a1 5: 8188599-8188656 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a1 5: 8188734-8188798 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a1 5: 8188866-8188926 [-] UCSC Ensembl Mir-155 5: 8201365-8201424 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGGCCCAAAUAUCUUGCAGUUCUCUGCUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAUAGAGGAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUGGUGGCCUGCUUGCUCUCCACCUGGUACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGGGCCCAAAUAUCUU-- UU U GC --| U AAGAA GCAG C CU UAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC U CGUC G GG GUCAAAACGUAUC AACGUG UG A GCAUGGUCCACCUCUCGUU CG U UA UA^ U AGGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Drosha cuts -1 and -3 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-19-P1a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-19-P1a1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
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