| MirGeneDB ID | Tni-Mir-92-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-92-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-92-P1a2 Tni-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cja-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Eca-Mir-92-P1a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1a Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmr-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pab-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
5: 8188110-8188167 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a1) |
Mir-92-P1a1
5: 8188110-8188167 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a1 5: 8188261-8188319 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 5: 8188398-8188455 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a1 5: 8188599-8188656 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a1 5: 8188734-8188798 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a1 5: 8188866-8188926 [-] UCSC Ensembl Mir-155 5: 8201365-8201424 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGUUUGGCUCAGAUGUCCCUUCCCAUACAGGUGGGGAUGAGUAGCAAUGCUGUGUACUAGGAGGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGUAGGAAUGAGGAGAUAGAAGAUGUACAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGUUUGGCUCAGAUGUC ---| C G UG A GUGUA CCU UCC AUACAGGU GGGA AGU GCAAUGCU \ GGA AGG UGUGUCCG CCCU UCA CGUUAUGG C AGACAUGUAGAAGAUAGA- GUA^ A G GU - AGGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-92-P1a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGGGGAUGAGUAGCAAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-92-P1a1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002925 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -58
Get sequence
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