MirGeneDB ID | Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-92a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-92-P1c Xtr-Mir-92-P1d Xtr-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2c Xtr-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Dre-Mir-92-P1a2 Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mal-Mir-92-P1a2 Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Tni-Mir-92-P1a2 Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 120019748-120019807 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a) |
Mir-92-P1a
chr2: 120019748-120019807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a chr2: 120019867-120019928 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr2: 120019995-120020054 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr2: 120020122-120020179 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a chr2: 120020263-120020327 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a chr2: 120020393-120020454 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGAUGGUGGGGAGUUGCCCCUUUCUGUAUAGGUUGGGAUUGGUUGCAAUGCUGUACUAUUUAUGUAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUUAGGAUGCUUGGGAUUAUCAAAUGGUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGGAUGGUGGGGAGUUGCCCCU--| U U U GUACUA UUCUG AUAGGUUGGGAU GGU GCAAUGCU \ AGGAU UGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGA U AUUUGGUAAACUAUUAGGGUUCGU^ U U - UGUAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-92-P1a_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUUGGGAUUGGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-92-P1a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-92a |