| MirGeneDB ID | Mal-Mir-92-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-92-P1a2 Mal-Mir-92-P1d Mal-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cja-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Eca-Mir-92-P1a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1a Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmr-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pab-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884692.1: 2412657-2412714 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a1) |
Mir-155
KV884692.1: 2397468-2397527 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P1a1 KV884692.1: 2411974-2412034 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 KV884692.1: 2412342-2412403 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a1 KV884692.1: 2412480-2412541 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a1 KV884692.1: 2412657-2412714 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAUAUUUGGAGAUGUCCCUUCCAGUGCAGGUGGGGAUUAGUAGCAAUGCUGUGUACCUGGAGGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGUAGGAAUGAGAUGGAGCUGACCUGGAUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGGAUAUUUGGAGAUGUCCC--| A UG G U A GUGUA UUCC G CAGGU GGGAU AGU GCAAUGCU \ AAGG U GUCCG CCCUG UCA CGUUAUGG C CCUAGGUCCAGUCGAGGUAGAGU^ A GU G U - AGGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-92-P1a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGGGGAUUAGUAGCAAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-92-P1a1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -58
Get sequence
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