| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-92a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1d Cpi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Dre-Mir-92-P1a2 Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mal-Mir-92-P1a2 Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Tni-Mir-92-P1a2 Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584859: 1459222-1459280 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a) |
Mir-92-P1a
JH584859: 1459222-1459280 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a JH584859: 1459336-1459396 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a JH584859: 1459480-1459538 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a JH584859: 1459662-1459719 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a JH584859: 1459801-1459865 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a JH584859: 1459949-1460008 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUGAGGAAAGUUGUACCCCUUUCUACACAGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCUGUGUGUGCCUGUAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUGAGGUUGGUGGGGACAGAGGCUGCAACAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGAGGAAAGUUGUA- -| UU AC C U GUGUG CC CC UCU ACAGGUUGGGAU AGU GCAAUGCU U GG GG GGA UGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGA G UACAACGUCGGAGACAGG U^ UU GU U - UGUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-92-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-92-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -59
Get sequence
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