| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1d Cpi-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2c Ami-Mir-92-P2c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2c Cja-Mir-92-P2c Cli-Mir-92-P2c Cmi-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2c Dno-Mir-92-P2c Dre-Mir-92-P2c Eca-Mir-92-P2c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2c Gga-Mir-92-P2c Gja-Mir-92-P2c Gmo-Mir-92-P2c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2c Lch-Mir-92-P2c Loc-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2c Mml-Mir-92-P2c Mmr-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2c Mun-Mir-92-P2c Neu-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2c Pab-Mir-92-P2c Pbv-Mir-92-P2c Rno-Mir-92-P2c Sha-Mir-92-P2c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2c Sto-Mir-92-P2c Tgu-Mir-92-P2c Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584720: 2635069-2635133 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2c) |
Mir-17-P1c
JH584720: 2634299-2634357 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2c JH584720: 2634454-2634518 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4c JH584720: 2634668-2634729 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c JH584720: 2634792-2634851 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c JH584720: 2634933-2634994 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c JH584720: 2635069-2635133 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGUAUGCUAAGCUUUGUUUUGCUGUUGUCGGGUGGAUCACGAUGCAAUUUUGAUUAGUUUAGCAGGAGAAAAAUUGCACGGUAUCCAUCUGUAAACCGCAGGACCUUCAUCGCUGACAAUGUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGUAUGCUAAGCUUU--| U GU CA A GAUUAGUU GUUUUGC GUU CGGGUGGAU CG UGCAAUUUU U CAGGACG CAA GUCUACCUA GC ACGUUAAAA A AUGUAACAGUCGCUACUUC^ C AU UG - AGAGGACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-92-P2c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAUCACGAUGCAAUUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-92-P2c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AAUUGCACGGUAUCCAUCUGUA -65
Get sequence
|
