| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-106a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584720: 2634299-2634357 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-17-P1c
JH584720: 2634299-2634357 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2c JH584720: 2634454-2634518 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4c JH584720: 2634668-2634729 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c JH584720: 2634792-2634851 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c JH584720: 2634933-2634994 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c JH584720: 2635069-2635133 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUCCUGGUGGAAGGGCCUUGAGUUGUGCAAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGUGUUGGUAUCUACUGCAGUGGAAGCACUUCUAGCAUUACAAUGGCAAUUCAAUCCCACGUUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAUCCUGGUGGAAGGG---| UUGA U AA- A G G UGUGU CC GU GUGC AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ GG CA UACG UUCACGAA GU ACGUC AUC U UUCUUGCACCCUAACUUAAC^ UAA- U AUC G G - UAUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-17-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-17-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAGUGGAAGCACUUCUAGC -59
Get sequence
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