| MirGeneDB ID | Sto-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1b Sto-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P3b Sto-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4b Sto-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01013767.1: 3033-3091 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-17-P1c
BFAA01013767.1: 3033-3091 [+]
Mir-17-P2c BFAA01013767.1: 3215-3279 [+] Mir-19-P1c BFAA01013767.1: 4765-4822 [+] Mir-17-P4c BFAA01013767.1: 4955-5015 [+] Mir-19-P2c BFAA01013767.1: 5089-5150 [+] Mir-92-P1c BFAA01013767.1: 5248-5309 [+] Mir-92-P2c BFAA01013767.1: 5411-5474 [+] |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCCUGUGCUGGAUUUGGCCAGAGUUGUGCAAAAGUGCUCACAAGUGCAGGUAGCAGGGUGCAUCUACUGCACUGUGGGCACUUCUUGCAUUACCUUGGUAGAUAUGUUUAACUGCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUCCUGUGCUGGAUUUG-- A U -| A G CAGG GCCAG GU GUGCAA AAGUGCUCACA GUGCAG UAG G UGGUU CA UACGUU UUCACGGGUGU CACGUC AUC U UAACGUCAAUUUGUAUAGA C U C^ - - UACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Mir-17-P1c_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUCACAAGUGCAGGUAG -24
Get sequence
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| Star sequence | Sto-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCACUGUGGGCACUUCUUGC -59
Get sequence
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