| MirGeneDB ID | Sto-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-17-P1b Sto-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P3b Sto-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4b Sto-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01005422.1: 25719-25776 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-92-P1a
BFAA01005422.1: 25076-25135 [-]
Mir-19-P2a BFAA01005422.1: 25194-25255 [-] Mir-17-P4a BFAA01005422.1: 25312-25370 [-] Mir-19-P1a-v1 BFAA01005422.1: 25439-25496 [-] Mir-19-P1a-v2 BFAA01005422.1: 25439-25496 [-] Mir-17-P2a BFAA01005422.1: 25568-25632 [-] Mir-17-P1a BFAA01005422.1: 25719-25776 [-] |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCUGUGUGGCCUAGGUCAGAAGUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGUCUAAAAUCUACUGCAGUGGAGGCACUUCAAGCAUUAUGUUGACAGUAACCCCUCCUUGAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGCUGUGUGGCCUAGG---| AA CA- A G G UGUC UCAG GUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG U AGUU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC A CCAAGUUCCUCCCCAAUGAC^ G- AAC G G - UAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Mir-17-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Sto-Mir-17-P1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACUGCAGUGGAGGCACUUCAAGC -58
Get sequence
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