| MirGeneDB ID | Mal-Mir-17-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P2a2b Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mal-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a2 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884718.1: 1738987-1739045 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a2) |
Mir-92-P1a2
KV884718.1: 1737049-1737107 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a2 KV884718.1: 1737153-1737213 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a2 KV884718.1: 1737279-1737339 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a2 KV884718.1: 1737448-1737505 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a2b KV884718.1: 1737582-1737646 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a2a KV884718.1: 1738638-1738702 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a2 KV884718.1: 1738987-1739045 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAUGAACAUUGAGAGGUCAGUGUAGUGCCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUUUUAUAAGAUCUACUGCAGUGAAGGCACUUUCAGCACUGUUCUGAUGAUAACUAAAGCAGCUGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCAUGAACAUUGAGAG-- UG C-| A G G UUUUA GUCAG UAGUGC AAAGUGCUU CA UGCAG UAG \ UAGUC GUCACG UUUCACGGA GU ACGUC AUC U UCGUCGACGAAAUCAAUAG UU AC^ A G - UAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-17-P1a2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-17-P1a2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAGUGAAGGCACUUUCAGC -59
Get sequence
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