| MirGeneDB ID | Cja-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1d Cja-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 6486848-6486907 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-17-P1a
CM021915.1: 6486848-6486907 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a CM021915.1: 6486986-6487048 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a CM021915.1: 6487135-6487192 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a CM021915.1: 6487305-6487363 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a CM021915.1: 6487436-6487496 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a CM021915.1: 6487553-6487611 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGAAGAUUGUGACCAGUCAGAAUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUAUGUGCAUCUACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGCAUUAUGGUGACAGCUGCCUCGGGAAGCCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGAAGAUUGUGACCA-- GA CA-| A G G UGAUA GUCA AUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG U CAGU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC G AACCGAAGGGCUCCGUCGA GG AUG^ A G - UACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-17-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-17-P1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGC -60
Get sequence
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