| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-17-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-17-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-17-P1a2 Gmo-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Gmo-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Gmo-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_520: 24224-24283 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a1) |
Mir-17-P1a1
GeneScaffold_520: 24224-24283 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a1 GeneScaffold_520: 24343-24407 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a1 GeneScaffold_520: 24486-24543 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 GeneScaffold_520: 24648-24707 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a1 GeneScaffold_520: 24765-24825 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUGAAGACUGCUACUGCCUGGGUAUUGCCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUACUAUGCAACGCUACUGCAGUGGAGGCACUUCUAGCAAUACCCGGGCCCGGGCUCCCACGCUCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGAAGACUGCUACU-- CA-| A G G UACUA GCCUGGGUAUUGC AAGUGCUU CA UGCAG UAG U CGGGCCCAUAACG UUCACGGA GU ACGUC AUC G GUCCUCGCACCCUCGGGCC AUC^ G G - GCAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-17-P1a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-17-P1a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCAGUGGAGGCACUUCUAGC -60
Get sequence
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