| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-20a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Gmo-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Gmo-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cja-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Eca-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Laf-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P1d Mmr-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P1d Pab-Mir-17-P1d Rno-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3767: 173694-173755 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-92-P2d
GeneScaffold_3767: 173042-173101 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2d GeneScaffold_3767: 173195-173260 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4d GeneScaffold_3767: 173469-173529 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d GeneScaffold_3767: 173694-173755 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGUCGUUCUAGUUCGGUGAAGUGUUUGCUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUAUUGAUACCUGGCCUACCGCCCUGUAAGCACUUAUCUCAAACGCUGGCACGAUAGUCCUCUGUCUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGUCGUUCUAGUUCG- A- CUA-| U A UAUUGA GUG AGUGUUUG AAGUGCUUAUAG GC GGUAG U CAC UCGCAAAC UUCACGAAUGUC CG CCAUC A CAGUCUGUCUCCUGAUAG GG UCUA^ C - CGGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-17-P1d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-17-P1d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCGCCCUGUAAGCACUUAUCUC -62
Get sequence
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