| MirGeneDB ID | Mml-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-106b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cja-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Eca-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Laf-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mmr-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P1d Pab-Mir-17-P1d Rno-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014338.1: 42276410-42276471 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-92-P2d
CM014338.1: 42275984-42276043 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d CM014338.1: 42276186-42276247 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d CM014338.1: 42276410-42276471 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUCCCUCCCGCUCCAGCCCUGCUGGGGCUAAAGUGCUGACAGUGCAGAUAGUGGUCCUCUCCGUGCUACCGCACUGUGGGUACUUGCUGCUCCAGCAGGGCACGCACAGCGUCCGUGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUCCCUCCCGCUCCA-- UA-| G AGAUAGUGGUCC GCCCUGCUGGGGC AAGUGCU ACAGUGC \ CGGGACGACCUCG UUCAUGG UGUCACG U GAGGUGCCUGCGACACGCA UCG^ G CCAUCGUGCCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts +1 and +2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-17-P1d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-106b-5p |
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| Star sequence | Mml-Mir-17-P1d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCGCACUGUGGGUACUUGCUGC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-106b-3p |
