MirGeneDB ID | Mml-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 128132167-128132227 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-92-P2c
chrX: 128131737-128131801 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 128131899-128131959 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 128132038-128132103 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 128132167-128132227 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 128132397-128132461 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 128132563-128132621 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAGAGGAUAAGAUUGGGUCCUAGUAGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUGGCAUGACUCUACUGUAGUGUGGGCACUUCCAGUACUCUUGGAUAACAAAUCUCUUGUUGAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAGAGGAUAAGAUUGG---| U U CA- G G UUUUGG GUCC AG AGUAC AAGUGCUCAUA UGCAG UAG \ UAGG UC UCAUG UUCACGGGUGU AUGUC AUC C GGUAGUUGUUCUCUAAACAA^ U - ACC G - UCAGUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Mir-17-P4c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-20b-5p |
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Star sequence | Mml-Mir-17-P4c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACUGUAGUGUGGGCACUUCCAGU -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-20b-3p |