| MirGeneDB ID | Dno-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmr-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Neu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pab-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH573198: 1052698-1052758 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-17-P1c
JH573198: 1052307-1052364 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2c JH573198: 1052463-1052527 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4c JH573198: 1052698-1052758 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c JH573198: 1052822-1052884 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c JH573198: 1052961-1053022 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c JH573198: 1053115-1053179 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAAGGAUGAGAUUGGGUCCUAGUAGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUGGCAUUACUCUACUGUAGUGUGGGCACUUUAAGUACUCUUGGAUUACGUGUCUCUUGCUGGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAAAGGAUGAGAUUGG---| U U C- G G UUUUGG GUCC AG AGUAC AAAGUGCUCAUA UGCAG UAG \ UAGG UC UCAUG UUUCACGGGUGU AUGUC AUC C GGGGGUCGUUCUCUGUGCAU^ U - AA G - UCAUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-17-P4c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-17-P4c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGUAGUGUGGGCACUUUAAGU -61
Get sequence
|
