| MirGeneDB ID | Dre-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Dre-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Dre-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmr-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Neu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pab-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr14: 31467183-31467241 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-92-P2c
chr14: 31466699-31466769 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2c chr14: 31467045-31467105 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chr14: 31467183-31467241 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chr14: 31467386-31467450 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUCUGUGUUGAGUUUGUCCUGGCAGUUCCAAAGUGCUCACAGUGCAGGUAGUGCCAGUGGAUCUACUGCAAUGUCUGCACUUCAAGUAUUGCCGGACGCCUUCUGCCUGCCACUGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAUCUGUGUUGAGUUU---| U UCCA- UC G G UGCCA GUCC GGCAGU AAGUGC ACA UGCAG UAG \ CAGG CCGUUA UUCACG UGU ACGUC AUC G GUGUCACCGUCCGUCUUCCG^ - UGAAC UC A - UAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-17-P4c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUCACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-20b |
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| Star sequence | Dre-Mir-17-P4c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAAUGUCUGCACUUCAAGU -59
Get sequence
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