| MirGeneDB ID | Ami-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1d Ami-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmr-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Neu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pab-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711293.1: 2599995-2600056 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-92-P2c
NW_017711293.1: 2599564-2599628 [-]
UCSC
Mir-92-P1c NW_017711293.1: 2599701-2599762 [-] UCSC Mir-19-P2c NW_017711293.1: 2599868-2599927 [-] UCSC Mir-17-P4c NW_017711293.1: 2599995-2600056 [-] UCSC Mir-17-P2c NW_017711293.1: 2600210-2600274 [-] UCSC Mir-17-P1c NW_017711293.1: 2600367-2600425 [-] UCSC |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUUUUCCUUUUUUUUGUCCUAGCAGUAUCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGCUUUUGUAUUGGAUCUACUGUAAUGUGGGCACUUACAGUACUGCCAGAUAAAAUGCAUCGUUGGCCGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUUUUUCCUUUUUUUUGUC-- A CA-| G G CUUUUG CU GCAGUAU AAGUGCUCAUA UGCAG UAG U GA CGUCAUG UUCACGGGUGU AUGUC AUC A UGGCCGGUUGCUACGUAAAAUA C ACA^ A - UAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-17-P4c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-17-P4c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGUAAUGUGGGCACUUACAGU -62
Get sequence
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