| MirGeneDB ID | Ami-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1d Ami-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709609.1: 10810755-10810815 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-92-P1a
NW_017709609.1: 10810006-10810064 [-]
UCSC
Mir-19-P2a NW_017709609.1: 10810116-10810176 [-] UCSC Mir-17-P4a NW_017709609.1: 10810252-10810310 [-] UCSC Mir-19-P1a NW_017709609.1: 10810475-10810532 [-] UCSC Mir-17-P2a NW_017709609.1: 10810607-10810671 [-] UCSC Mir-17-P1a NW_017709609.1: 10810755-10810815 [-] UCSC |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAAGAUCCUGGUCACGUCAGAGUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUAUAUAGAACCUACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGCAUUAUAGUGACAACUGCCUCAGGACUUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGAAGAUCCUGGUCAC-- GA CA-| A G G UGAUAU GUCA GUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ CAGU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC A CUCUUCAGGACUCCGUCAA GA AUG^ A G - CAAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-17-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-17-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGC -61
Get sequence
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