| MirGeneDB ID | Ami-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-19b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Oan-Mir-19-P2a5 Oan-Mir-19-P2a6 Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709609.1: 10810116-10810176 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a) |
Mir-92-P1a
NW_017709609.1: 10810006-10810064 [-]
UCSC
Mir-19-P2a NW_017709609.1: 10810116-10810176 [-] UCSC Mir-17-P4a NW_017709609.1: 10810252-10810310 [-] UCSC Mir-19-P1a NW_017709609.1: 10810475-10810532 [-] UCSC Mir-17-P2a NW_017709609.1: 10810607-10810671 [-] UCSC Mir-17-P1a NW_017709609.1: 10810755-10810815 [-] UCSC |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUUUAAAUUUAAACACUGUUCUCUGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGCUGUAUGAUACUCUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUGGCAGUGACAAGUCAGUGACUAAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUUUUAAAUUUAAACA----| CUC - - UC UGUAUG CUGUU UGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ GACGG GUCAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG A AAGAAUCAGUGACUGAACAGU^ U-- A U -- UCUCAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-19-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUCCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-19-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
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