| MirGeneDB ID | Mal-Mir-19-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-19-P1a2 Mal-Mir-19-P2a2 Mal-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884692.1: 2412480-2412541 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a1) |
Mir-155
KV884692.1: 2397468-2397527 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P1a1 KV884692.1: 2411974-2412034 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 KV884692.1: 2412342-2412403 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a1 KV884692.1: 2412480-2412541 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a1 KV884692.1: 2412657-2412714 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGGCUUGUCUGCUAAUUGUCACUUGGUCAGUUUUGCUGGUUUGCAUUCCGCUUUAACUGAUGUUUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUAGGUUGAUGAAAUGUUCUGCAAGGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGGCUUGUCUGCUAA- UG - - -| UCC UUUAAC U UC ACUUGGUCAGUUUUGC UGG UUUGCAU GC U A AG UGGAUCAGUCAAAACG ACC AAACGUG CG G UUUUGGAACGUCUUGUAA GU U U U^ U-- UUUGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-19-P2a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCUGGUUUGCAUUCCGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-19-P2a1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -62
Get sequence
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