| MirGeneDB ID | Mal-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-19-P1a2 Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-19-P2d Dre-Mir-19-P2d Gmo-Mir-19-P2d Lch-Mir-19-P2d Loc-Mir-19-P2d Mun-Mir-19-P2d Tni-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV885025.1: 88524-88590 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2d) |
Mir-17-P1d
KV885025.1: 87774-87836 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d KV885025.1: 88063-88120 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2d KV885025.1: 88524-88590 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d KV885025.1: 88714-88773 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUUGUAAGAGGCUUUUCUGACCCUGGCCAGCUUUGCAGGGUGGGCAGUCAGCCUGUGUGCGUUAGGAGCAGCUGUGCAAACCCAUGCAAAACUGACCAUGGCUGGAGUUGUCAUCAGUAUAUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUUGUAAGAGGCUUU-- GA C C C -| GG GU CUGUGUGC UCU CC UGG CAG UUUGCA GGGU GCA CAGC G AGG GG ACC GUC AAACGU CCCA CGU GUCG U UUUUAUAUGACUACUGUUG UC U A A A^ AA -- ACGAGGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-19-P2d_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUGCAGGGUGGGCAGUCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-19-P2d_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGUGCAAACCCAUGCAAAACUGA -67
Get sequence
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