| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-19d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Gmo-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-19-P2d Dre-Mir-19-P2d Lch-Mir-19-P2d Loc-Mir-19-P2d Mal-Mir-19-P2d Mun-Mir-19-P2d Tni-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3767: 173195-173260 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2d) |
Mir-92-P2d
GeneScaffold_3767: 173042-173101 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2d GeneScaffold_3767: 173195-173260 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4d GeneScaffold_3767: 173469-173529 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d GeneScaffold_3767: 173694-173755 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGGUCCAGACGACGUGUCGGCUCCGGUCAGCUUUGCAGGGUGGGCAGUCAGCCUGGGUGCUUUGGAGCCGCUGUGCAAACCCAUGCAAAACUGACCGUGGCGCGACCCCAGUGCGCCUGAAGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGGUCCAGACGACGU- - UC C -| GG GU CUGGGUGC GUCG GC CGGUCAG UUUGCA GGGU GCA CAGC \ CAGC CG GCCAGUC AAACGU CCCA CGU GUCG U CUGAAGUCCGCGUGACCC G GU A A^ AA -- CCGAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-19-P2d_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUGCAGGGUGGGCAGUCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-19-P2d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGUGCAAACCCAUGCAAAACUGA -66
Get sequence
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