| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Gmo-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2d Cja-Mir-92-P2d Cmi-Mir-92-P2d Cpo-Mir-92-P2d Dno-Mir-92-P2d Dre-Mir-92-P2d Eca-Mir-92-P2d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2d Lch-Mir-92-P2d Loc-Mir-92-P2d Mal-Mir-92-P2d Mdo-Mir-92-P2d Mml-Mir-92-P2d Mmr-Mir-92-P2d Mmu-Mir-92-P2d Oan-Mir-92-P2d Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2d Pab-Mir-92-P2d Rno-Mir-92-P2d Sha-Mir-92-P2d Sme-Mir-92 Tni-Mir-92-P2d Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 Xtr-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3767: 173042-173101 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2d) |
Mir-92-P2d
GeneScaffold_3767: 173042-173101 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2d GeneScaffold_3767: 173195-173260 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4d GeneScaffold_3767: 173469-173529 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d GeneScaffold_3767: 173694-173755 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAACCUCUGAGAGACUUGCCGGUGUUGAGAGGCGGAGACUCGGGCAAUUGCCAGCCUUCCCAGACGGCAUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCACAGCGCAUCCUGCCCCCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAACCUCUGAGAGACU--| UG AG G UCGG U AGCCUU UGCCGG UUG AGGC GAGAC GCAAU GCC \ ACGGCC GAC UCUG CUCUG CGUUA CGG C CCCCCCCGUCCUACGCGAC^ GU AG G UUCA - CAGACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-92-P2d_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCGGAGACUCGGGCAAUUGCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-92-P2d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA -60
Get sequence
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