| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-25-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-92-P1a Xtr-Mir-92-P1c Xtr-Mir-92-P1d Xtr-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2d Cja-Mir-92-P2d Cmi-Mir-92-P2d Cpo-Mir-92-P2d Dno-Mir-92-P2d Dre-Mir-92-P2d Eca-Mir-92-P2d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2d Gmo-Mir-92-P2d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2d Lch-Mir-92-P2d Loc-Mir-92-P2d Mal-Mir-92-P2d Mdo-Mir-92-P2d Mml-Mir-92-P2d Mmr-Mir-92-P2d Mmu-Mir-92-P2d Oan-Mir-92-P2d Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2d Pab-Mir-92-P2d Rno-Mir-92-P2d Sha-Mir-92-P2d Sme-Mir-92 Tni-Mir-92-P2d Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chrUn_NW_016683390v1: 107010-107067 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2d) |
Mir-92-P2d
chrUn_NW_016683390v1: 107010-107067 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chrUn_NW_016683390v1: 107136-107196 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCAGGCUGCAGAACAGCUGGUGUUGACAGGCAGAGACAGGAGCAACUGCUGGUGUGCCUUGGUAGCAUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGUCGGCAAAACCCUCCAAUGUCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCAGGCUGCAGAACA--| UG A A A C UGGUGUG GCUGG UUG CAGGC GAGACAGG GCAA UGC \ CGGCU GAC GUCUG CUCUGUUC CGUU ACG C UUUCUGUAACCUCCCAAAA^ GU A G A - AUGGUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-92-P2d_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCAGAGACAGGAGCAACUGC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-92-P2d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUUGCACUUGUCUCGGUCUG -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-25 |
