| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1b Cmi-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1d Cmi-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2b Cmi-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2d Cja-Mir-92-P2d Cpo-Mir-92-P2d Dno-Mir-92-P2d Dre-Mir-92-P2d Eca-Mir-92-P2d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2d Gmo-Mir-92-P2d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2d Lch-Mir-92-P2d Loc-Mir-92-P2d Mal-Mir-92-P2d Mdo-Mir-92-P2d Mml-Mir-92-P2d Mmr-Mir-92-P2d Mmu-Mir-92-P2d Oan-Mir-92-P2d Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2d Pab-Mir-92-P2d Rno-Mir-92-P2d Sha-Mir-92-P2d Sme-Mir-92 Tni-Mir-92-P2d Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 Xtr-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI637757.1: 5709-5768 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2d) |
Mir-19-P2d
KI637757.1: 1827-1885 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P2d KI637757.1: 5709-5768 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUAUUACGGUACCAAACGCCAGUGUUGAGAGGUGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGGCUUCCAGGAGGGCAUUGCACUUGUCUCUGUCUGACAUUACUGGUGUGACGCUUCCUGGAAUCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUAUUACGGUACCAAA--| U AG UG UU - U GGGCUU CGCCAGUG UG AGG GAGAC GG GCAAU GCU \ GUGGUCAU AC UCU CUCUG UC CGUUA CGG C AUCUAAGGUCCUUCGCAGU^ U AG GU U- A - GAGGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-92-P2d_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGGAGACUUGGGCAAUUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-92-P2d_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAUUGCACUUGUCUCUGUCUGA -60
Get sequence
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