| MirGeneDB ID | Mal-Mir-19-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-19-P1a2 Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a2 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a2 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884718.1: 1737153-1737213 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a2) |
Mir-92-P1a2
KV884718.1: 1737049-1737107 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a2 KV884718.1: 1737153-1737213 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a2 KV884718.1: 1737279-1737339 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a2 KV884718.1: 1737448-1737505 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a2b KV884718.1: 1737582-1737646 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a2a KV884718.1: 1738638-1738702 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a2 KV884718.1: 1738987-1739045 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGUACCUUGUGCACAUCAGUCUCUGGUUAGUUUUGCUGGUUUGCUUUCAGCUUUUCACCGUACUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUCAUAGAACUGAAGCAAAUCCAUCAGGGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGUACCUUGUGCACA- - C - -| UUU CUUUUCA UCAG UCU UGGUUAGUUUUGC UGG UUUGC CAG \ AGUC AGA ACUAGUCAAAACG ACC AAACG GUC C UGGGGACUACCUAAACGA A U U U^ U-- GUCAUGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-19-P2a2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCUGGUUUGCUUUCAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-19-P2a2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
|
