| MirGeneDB ID | Mal-Mir-17-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mal-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P2a2b Mal-Mir-17-P4a2 Mal-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a1 Eca-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a1 Hsa-Mir-17-P4a Laf-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmr-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Neu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4a Pab-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Tni-Mir-17-P4a1 Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884692.1: 2412342-2412403 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a1) |
Mir-155
KV884692.1: 2397468-2397527 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P1a1 KV884692.1: 2411974-2412034 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 KV884692.1: 2412342-2412403 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a1 KV884692.1: 2412480-2412541 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a1 KV884692.1: 2412657-2412714 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCUCAACUGACCACAGUUUCAGCAGUACUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUGUUUUUCUCCUAUCUACUGCAAUGUGAGCACUUGAAGUACUUCUAACUAACUACAUCUUUCUGAAGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUCUCAACUGACCACA----| UC C A- G G UGUUUU GUU AG AGUACU AAGUGCUUAUA UGCAG UAG U CAA UC UCAUGA UUCACGAGUGU ACGUC AUC C UAGAAGUCUUUCUACAUCAAU^ -- U AG A - UAUCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-17-P4a1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-17-P4a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGCAAUGUGAGCACUUGAAGU -62
Get sequence
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