| MirGeneDB ID | Laf-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1d Laf-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Eca-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Hsa-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmr-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Neu-Mir-17-P4a Oan-Mir-17-P4a7 Oan-Mir-17-P4a8 Ocu-Mir-17-P4a Pab-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4a2 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010038.1: 14396708-14396766 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a) |
Mir-92-P1a
GL010038.1: 14396456-14396514 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a GL010038.1: 14396571-14396631 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a GL010038.1: 14396708-14396766 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a GL010038.1: 14396874-14396931 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a GL010038.1: 14397018-14397082 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a GL010038.1: 14397164-14397223 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGUCUGAUGUGACAGCUUCUGUAGCACUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUGUUUAGUUAUCUACUGCAUCAUGAGCACUUAAAGUACUGCCAGCUGUAGAACUCCAGCUUCAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUGUCUGAUGUGACA----| UCU C A- A G UGUUU GCU GUAG ACU AAGUGCUUAU GUGCAG UAG \ CGA CGUC UGA UUCACGAGUA UACGUC AUC A CCGACUUCGACCUCAAGAUGU^ C-- A AA C - UAUUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-17-P4a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-17-P4a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAUCAUGAGCACUUAAAGU -59
Get sequence
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