| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-20a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-17-P1a Mdo-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Hsa-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mml-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Oan-Mir-17-P4a7 Oan-Mir-17-P4a8 Ocu-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4a2 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
7: 108468450-108468508 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a) |
Mir-92-P1a
7: 108468200-108468258 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a 7: 108468317-108468377 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a 7: 108468450-108468508 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a 7: 108468619-108468676 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a 7: 108468761-108468825 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a 7: 108468905-108468965 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGUAUUUGAAAGGACAGCUUUUGUAGCACUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUGUUUAGUUAUCUACUGCAUUAUGAGCACUUGAAGUACUGCUAGCUGUAGAACUACAACUUCAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUAUUUGAAAGGACA----| UUU C A- G UGUUU GCU GUAG ACU AAGUGCUUAUAGUGCAG UAG \ CGA CGUC UGA UUCACGAGUAUUACGUC AUC A GCUACUUCAACAUCAAGAUGU^ U-- A AG - UAUUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-17-P4a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-20a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-17-P4a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAUUAUGAGCACUUGAAGU -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-20a-3p |
