| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-17-P1a Mdo-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P4a Mdo-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 35203052-35203108 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-92-P2c
X: 35202093-35202159 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c X: 35202231-35202295 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c X: 35202389-35202447 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c X: 35202543-35202603 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c X: 35202855-35202919 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c X: 35203052-35203108 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUUUGCUGGAGGCCGUGCCUCGGUUGUGUAAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGGUCGUGUAACUACUGCCCUGUGAGCACUUCCAACAUGACCACGGCAAUGGAUGAUGUGGGGCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUUUGCUGGAGGCCGU-- UC UG AA-| U G GUCG GCC GGU UGU AAGUGCUUAUAG GCAG UAG \ CGG CCA ACA UUCACGAGUGUC CGUC AUC U UUCGGGGUGUAGUAGGUAA CA GU ACC^ C - AAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-17-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-106-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0026934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- ACUGCCCUGUGAGCACUUCCAAC -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-106-3p |
