| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-92a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-92-P1a Mdo-Mir-92-P1d Mdo-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Eca-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmr-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Neu-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pab-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 35202231-35202295 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c) |
Mir-92-P2c
X: 35202093-35202159 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c X: 35202231-35202295 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c X: 35202389-35202447 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c X: 35202543-35202603 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c X: 35202855-35202919 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c X: 35203052-35203108 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGAAGAUUGUCUUUGGCUGAUUUCUCUGCGGGUGGGGAUUUGUUGCAUUACUUGAUCAUGUGACUAUAAGAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAGGAAAAGAGGACUUUUCAUCUGUUCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGAAGAUUGUCUUUGG---| GA UG G UU U U UGAUCAUG CU UUUCUC CGGGU GGGAU GU GCA UACU U GA AAGGAG GUCCG CCCUG CA CGU AUGA G UCCUUGUCUACUUUUCAGGA^ A- GU G UU - U GAAUAUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Drosha cuts +2 and +3 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-92-P1c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0031050 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUGGGGAUUUGUUGCAUUACU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-92a-2-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-92-P1c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -65
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-92a-3p |
