| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-19-P1a Mdo-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 35202389-35202447 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-92-P2c
X: 35202093-35202159 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c X: 35202231-35202295 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c X: 35202389-35202447 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c X: 35202543-35202603 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c X: 35202855-35202919 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c X: 35203052-35203108 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAGCUUUAAUCCCAGUGCUGCUCACAGUCAGUUUUGCAGGUCUUGCAUCGGCCUAUGUCAAUUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUAGGAGGGCAUUUGCAUCUGCACUUUUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAGCUUUAAUCCCAGU---| G AC - UC U CUAUG GCU CUC AGUCAGUUUUGCA GG UUGCA CGGC \ CGG GAG UUAGUCAAAACGU CC AACGU GUCG U GGUUUUCACGUCUACGUUUA^ - GA A UA - UUAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-19-P2c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUCUUGCAUCGGC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-19b-2-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-19-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-19b-3p |
