| MirGeneDB ID | Ete-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-19-P1a Ete-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980394: 1010568-1010631 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-17-P1c
JH980394: 1010060-1010118 [+]
UCSC
Mir-17-P2c JH980394: 1010215-1010279 [+] UCSC Mir-17-P4c JH980394: 1010443-1010503 [+] UCSC Mir-19-P2c JH980394: 1010568-1010631 [+] UCSC Mir-92-P1c JH980394: 1010699-1010759 [+] UCSC Mir-92-P2c JH980394: 1010851-1010915 [+] UCSC |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAUCUCCAAGAUACUGCUGUUUACGGUGAGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCAGCAUGUAUGUAUCUAUGGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUGUGAGCGGUGGGAGCUGUCUGCACUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAUCUCCAAGAUACU-- G - -| UUU AUGUAUG GCUGUUUACGGU AGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ UGGCGAGUGUUA UCAAAACGU CC AAACGU GUCG U CUUUCACGUCUGUCGAGGG G A U^ --- GUAUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-19-P2c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-19-P2c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -64
Get sequence
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