| MirGeneDB ID | Xla-Mir-19-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-19b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xla-Mir-19-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 47238435-47238491 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c3) |
Mir-92-P2c3
NC_030738.1: 47238172-47238237 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c3 NC_030738.1: 47238303-47238364 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c3 NC_030738.1: 47238435-47238491 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c3 NC_030738.1: 47238544-47238604 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c3 NC_030738.1: 47238694-47238758 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c3 NC_030738.1: 47238821-47238877 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGCUUGGUGAUGGAUUCCUGCUCCUGUCAGUUUAGCUGGUUUGCAUCAGCUGGCUACUGUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUGGCUGGGAAAGUUCUCUGGAAUUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACGCUUGGUGAUGGAU- - CCU A - -| U UGGC UCCU GCU GUCAGUUU GC UGG UUUGCA CAGC U AGGG CGG CAGUCAAA CG ACC AAACGU GUCG A UCUUUAAGGUCUCUUGAA U UGU A U U^ - UGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-19-P2c3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUAGCUGGUUUGCAUCAGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-19-P2c3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -57
Get sequence
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