| MirGeneDB ID | Xla-Mir-92-P1c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-92a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xla-Mir-92-P1c4 Xla-Mir-92-P1d1 Xla-Mir-92-P1d2 Xla-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 47238303-47238364 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c3) |
Mir-92-P2c3
NC_030738.1: 47238172-47238237 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c3 NC_030738.1: 47238303-47238364 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c3 NC_030738.1: 47238435-47238491 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c3 NC_030738.1: 47238544-47238604 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c3 NC_030738.1: 47238694-47238758 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c3 NC_030738.1: 47238821-47238877 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUUCAAGUAUCCAAAACUAGCUCCUCUGUGGGUGGGGAUUUGUUGCACUACUUGUGUUUUUAUUAAAAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAUGAAAGAUGGACUUUCUGCUUUGAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUCAAGUAUCCAAAACUAGC--| C UG G UU U C UGUGUUU UC UCUG GGU GGGAU GU GCA UACU \ AG AGGU CCG CCCUG CA CGU AUGA U UCGAGUUUCGUCUUUCAGGUAGAA^ U GU G UU - U AAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-92-P1c3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUGGGGAUUUGUUGCACUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-92-P1c3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -62
Get sequence
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