| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-92a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-92-P1a Ocu-Mir-92-P1d Ocu-Mir-92-P2a Ocu-Mir-92-P2c Ocu-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Eca-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1c Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmr-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Neu-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Pab-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 108518367-108518428 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c) |
Mir-92-P2c
chrX: 108518210-108518274 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 108518367-108518428 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 108518503-108518568 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 108518632-108518692 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 108518869-108518933 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 108519035-108519093 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUACCAGCAUUCAAGCCCAUUCAUCCGCUGGUGGGGAUUUGUCGCAUUACUUGUGUUCUAUGGUAAAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAGGAAAGGAGGAUUUGAUCGUCGUCUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAUACCAGCAUUCAAGC--| A A U G UU C U UGUGUUC CC UUC UCCGC GGU GGGAU GU GCA UACU \ GG AAG AGGUG CCG CCCUG CA CGU AUGA U AUUCUGCUGCUAGUUUAGGA^ A G U G UU - U AAUGGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-92-P1c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUGGGGAUUUGUCGCAUUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-92-P1c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -62
Get sequence
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