| MirGeneDB ID | Laf-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-92-P1a Laf-Mir-92-P1d Laf-Mir-92-P2a Laf-Mir-92-P2c Laf-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Eca-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmr-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Neu-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pab-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010127.1: 4183788-4183848 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c) |
Mir-92-P2c
GL010127.1: 4183629-4183693 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c GL010127.1: 4183788-4183848 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c GL010127.1: 4183925-4183984 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c GL010127.1: 4184048-4184108 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c GL010127.1: 4184272-4184332 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c GL010127.1: 4184431-4184488 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUCUCCGGCGUUUCUGCUCGUUCAUCCAUGGGUGGGGAUUGAGUGCAUUGCUUGUGUUAUGUAUAAAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUAUGGAAGAAAGGAGGAUCUUAUCAUUGUCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUCUCCGGCGUUUCUG- G-| A G U U UGUGUU CUC UUC UCCAUGGGU GGGAU GAGUGCA UGCU A GAG AAG AGGUAUCCG CCCUG UUCACGU AUGA U UUUCUGUUACUAUUCUAG GA^ A G - U AAUAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-92-P1c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUGGGGAUUGAGUGCAUUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-92-P1c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUAU -61
Get sequence
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